Kompetencje w zakresie organizmów genetycznie zmodyfikowanych (GMO) zostały podzielone pomiędzy 3 współpracujące ze sobą organy:

  1. Minister Środowiska – jest odpowiedzialny za zamknięte użycie GMO, zamierzone uwalnianie GMO do środowiska w celach doświadczalnych oraz wprowadzanie do obrotu produktów genetycznie zmodyfikowanych na podstawie dyrektywy nr 2001/18/WE w sprawie zamierzonego uwalniania do środowiska organizmów zmodyfikowanych genetycznie;
  2. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi – kompetentny w sprawach dotyczących organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do użytku paszowego i pasz genetycznie zmodyfikowanych oraz upraw roślin GM;
  3. Główny Inspektor Sanitarny – organ właściwy do wykonywania czynności dotyczących żywności genetycznie zmodyfikowanej oraz organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do wykorzystania jako żywność, zgodnie z art. 93 ust. 1 ustawy z dnia 25 sierpnia 2006 r. o bezpieczeństwie żywności i żywienia. Czynności wykonywane przez Głównego Inspektora Sanitarnego obejmują m.in. przyjmowanie wniosków o udzielenie zezwolenia na wprowadzenie do obrotu żywności genetycznie zmodyfikowanej zgodnie z art. 5 rozporządzenia nr 1829/2003 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 22 września 2003 r. w sprawie genetycznie zmodyfikowanej żywności i paszy. Od czasu obowiązywania tego rozporządzenia w Polsce do Głównego Inspektoratu Sanitarnego nie wpłynął ani jeden taki wniosek. Najczęściej wnioski są składane do kompetentnych w tym zakresie urzędów w Wielkiej Brytanii czy Holandii.

Organy Państwowej Inspekcji Sanitarnej, zgodnie z właściwością określoną przepisami ustawy z dnia 14 marca 1985 r. o Państwowej Inspekcji Sanitarnej, oraz zgodnie z art. 73 pkt. 4 ustawy z dnia 25 sierpnia 2006 r., przeprowadzają urzędowe kontrole żywności genetycznie zmodyfikowanej w zakresie uregulowanym w rozporządzeniu nr 1829/2003, rozporządzenia nr 1830/2003 oraz rozporządzeniu nr 1946/2003 .